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2023-01-29 01:38:30  •  公司新闻
重磅发布|达粤mNGS新冠病毒分型注释升级,,,追踪最新变异!!!!

新冠病毒从2019年到现今,,经过多次进化,,形成阿尔法、、、、贝塔、、德尔塔、、、奥密克戎等变异毒株。。不同亚型、、、、株系的传播能力和人体内的免疫逃逸能力有所差异,,因而对新冠病毒进行分型,,,,结合分析病毒变异情况,,,,精准把控疫情形势,,,,调整防控策略,,,,不断提高防控工作的科学性、、、精准性、、、、有效性。。。。

 

近日,,,,达粤宏基因组技术(mNGS)基于临床需求,,,,目前已对新冠病毒注释结果进行更新,,并提供目前绝大部分新冠病毒亚型的注释结果,,,为临床追踪病毒变异提供参考依据。。

 

检测升级内容

覆盖outbreak.info提供的新冠病毒主要变种/亚型:Alpha(9种变异株)、、、Beta(5种变异株)、、、、Gamma(17种变异株)、、Lambda(2种变异株)、、、、Delta(79种变异株)、、、Omicron(≥749种变异株)等。。。

 

分析方法:通过收录、、、整理GISAID上新冠主要株系的高质量参考基因组序列,,,,构建新冠谱系数据库,,,, 基于Pangolin(Phylogenetic Assignment of Named Global Outbreak Lineages,,,,以系统发育归类命名全球暴发分支)分型方法,,,,对NGS测序数据中的病毒序列进行比对分析,,输出新冠的具体分型结果。。

 

(图片来源网络)

 

其他说明

(1) 适用范围:针对所有送检mNGS DNA+RNA双流程,,,或RNA流程的样本;

(2) 适用样本类型:呼吸道样本(肺泡灌洗液、、痰液、、、咽拭子)、、、、血液、、、、脑脊液以及其他可能检出新型冠状病毒基因组的样本;

(3) mNGS RNA流程检出特异性reads数>3000时,,,,分型结果较为准确;检出新冠病毒特异性reads数为1000~3000时,,,,分型结果仅供参考。。。。

 

临床样本新冠检出情况

(图1 近期临床样本不同新冠亚型检出的占比)

 

(图2 新冠病毒在不同样本类型中检出的占比)

 

目前,,,达粤精准医学中心已经形成了mNGS、、、tNGS为核心的感染性疾病病原学分子检测的产品体系,,本次mNGS升级将助力于新冠病毒感染的诊断、、病毒分型、、、变异追踪以及疫情的精准防控。。。。

 

达粤mNGS检测在标准化检测流程的基础上,,,,通过临床样本的大数据统计,,,,不断响应临床需求,,,优化生信分析系统及临床解读,,,,提高检测的灵敏度和准确性。。

 

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达粤

达粤集团源于中山大学,,,致力于医学健康服务业的发展,,,,聚焦于客户的健康需求,,提供有竞争力的解决方案与服务,,,,为大众创造幸福生活。。。

如欲了解更多信息,,,敬请联系邮箱pr@caijige.com。。。。

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